iOS 6から、メールのアカウント毎に署名を変更することが出来るようになりました。

設定＞メール／連絡先／カレンダーで、複数アカウントを設定している場合、署名をタップして「アカウントごと」に変更すると、各アカウント毎に署名を設定する画面が表示されます。

これにより、同一の署名ではなく、企業アカウントメールの場合と個人メールアカウントを区別して署名入りメールを作成することが出来ます。