Appleが、サポート情報「他社製のリモコンで Apple TV を操作する」を更新し、Apple TVでは、付属するApple Remote以外に、液晶テレビなどに付属するIR対応リモコンを登録することができ、その設定方法を説明しています。

設定＞一般＞リモコン＞リモコンを追加に進み、ガイドに従ってApple TVを操作するのに使用したいリモコンで登録を行う事が出来るそうです。