アップルの「iTunes 9：iTunes Media 方式によるファイルの整理方法について」によると、従来までは、iPhoneアプリを管理するMobile Applicationsフォルダ、楽曲やポッドキャストなどを管理するiTunes Musicフォルダ、iPod用ゲームを管理するiPod Gamesフォルダで構成されていましたが、iTunes 9から、フォルダの管理方法として「iTunes Media 方式」が採用され、iTunes Mediaフォルダの中で一括管理されるようになったそうです。

ただこれは、初めてiTunes 9を利用する場合か、新しくライブラリーを作成する場合で適用され、iTunes 8.2.xから移行する場合は、旧管理方法のままとなるようです。

iTunes Media 方式にアップグレードするには、iTunes 9のメニューから、ファイル＞ライブラリ＞ライブラリを整理の順に選択して、ファイルの整理方法を iTunes Media 方式にアップグレードを選択します。

iTunesライブラリの中を見ても、変わったように見えないのですが、アップグレードが完了すると、iTunes Media 方式にアップグレードの選択が出来なくなるので、アップグレードが完了したことが確認出来ます。

なお、iTunes Music フォルダの場所を変更している場合、iTunes によって iTunes Music フォルダの名前が iTunes Media に変更されませんが、アップグレード後、フォルダの名称を手動で変更しないように説明されています。

Update：当初変更する必要がありますと書いていましたが、正しくは変更しないで下さいの誤りでした。