Appleが、サポート情報「Aperture 3.4 and later: Some third-party plug-ins are no longer compatible」を公開し、OS X Lion v10.7.5または、OS X Mountain Lion v10.8以降のシステム条件を必要とする「Aperture 3.4」以降では、Sandbox化の要件に準拠していないサードパーティ製プラグインは正常に動作しない場合があると説明しています。

影響を受けたプラグインを使用しようとすると、警告ダイアログが表示される場合があるそうです。ただ、警告メッセージを閉じ、とりあえずは使用出来るプラグインもあるそうですが、Apertureが強制終了することもあると説明しています。

サードパティー側が対応したプラグインを提供するのを待つしかなさそうです。