Apple WatchのWatch OSは、届いた通知をスワイプすることで個別に削除することが出来ます。

一括で通知を削除したい場合は、通知を表示している画面で強く押すと「すべてを消去」のボタンが表示されます。

ボタンを押すと、Apple Watch内に蓄積された通知を一括削除することが出来ます。

サポート情報「未読の通知に応答する」